제2차 세계 대전 중 독일 잠수함 U보트는 연합군의 해상 보급 라인을 위협하고 있다. 연합군은 독일 U-571이 폭격으로 대서양에 표류 중인 것을 이용해 독일 유보트의 암호를 해독할 긴급 특수 작전에 들어간다. 함장 마이크 달그린(빌 팩스톤)과 그의 보좌관 앤드류 타일러(매튜 매커너헤이)는 영문도 모른 채 작전에 투입된다. 목표는 자국 잠수함을 독일 유보트로 위장해 U-571에 접근하여, 암호해독기를 탈취하는 것이다. 앤드류 대위 일행은 잠입에 성공하지만, 다른 독일군의 공격으로 잠수함이 침몰하게 된다. 이 사고로 함장과 많은 대원들이 죽고, 앤드류 대위는 무거운 책임을 맡게 된다.