다이노토피아의 마법을 경험할 수 있는 신세계로 초대합니다!!
고아원에서 자라던 12살 소년 켁스는 어느 날 바깥세상을 경험하겠다는 꿈을 안고 몰래 부두의 화물선에 승선한다. 그러나 화물선은 폭풍우에 침몰하고 켁스는 이름 모를 섬에 떠밀려오는데... 그 섬은 인간과 공룡이 공존하는 평화로운 섬 다이노토피아!
그곳에서 켁스는 버려진 공룡알을 주워 부화시키는 마라와 어린 공룡 26을 만나고 마라의 아빠 존의 집에서 살게 된다.그러나 악동 공룡들인 로가와 터드가 땅속에 묻힌 루비태양석을 찾는 바람에 오랜 세월 돌 감옥에 갇혀있던 악당 오그타가 깨어난다.
오그타는 루비태양석을 손에 넣은 뒤 로가와 터드를 시켜 존의 집에서 공룡알을 모두 훔쳐 그 알들을 악한 공룡으로 부화시킨 뒤 다이노토피아를 차지하려는 무서운 음모를 꾸미는데... 오그타의 음모를 알게 된 켁스, 26, 마라는 힘을 합쳐 맞서 싸운다.