뉴욕에 살고 있는 제니(Jenny: 카렌 엘킨 분)와 데이빗(David: 마이클 브로인 분)은 공중 곡예사인 엄마와 함께 캐나다에 살고 계신 할아버지 댁으로 휴가를 떠난다. 데이비드와 제니는 할아버지의 농장에서 순수한 마음을 지닌 사람에게만 보이는 '프리츠'(Fritz/Le roi: 마이클 J. 앤더슨 분)라는 난쟁이를 만난다. 제니, 데이비드, 그리고 프피츠는 서로 친구가 되어 무지개를 타고 신비한 난쟁이 나라로 여행을 떠난다.
거대한 괴물이 품어내는 자욱한 연기 속으로 들어가면 하나씩 난쟁이가 되어 나오는 신비한 광경을 지켜보던 제니와 데이비드는 난쟁이 나라에 한 번 발을 들여 놓으면 다시 인간 세계로 되돌아 갈 수 없다는 엄청난 사실을 알게 된다. 이를 걱정스럽게 지켜보던 프리츠는 두 남매를 탈출시키기 위해 하나밖에 남지 않은 요술을 사용하는데...